Az ember nem juthat semmihez anélkül, hogy adnia ne kelljen valamit cserébe, amit megszerzünk azzal valami egyenértéküt elveszítünk. Ez az egyenértéküség elve,az alkimia legföbb alapszabálya. Akkoriban még összintén ezt tartottuk a világ elsö és egyetlen igazságának...

 Két fiúról szól a történet. Alphonse és Edward Elric egy kis faluban nevelkednek. Mindenki nagyon boldog, addig a napig, amíg váratlanul a testvérpárnak meg nem hal az anyjuk. Mivel nem tudják ezt elfogadni, úgy határoztak, hogy feltámasztják őt az alkímia segítségével, de az emberi transzmutáció szigorúan tilos. Ők mégis megteszik, de a folyamat során valami baj történik, és Ed elveszeti ez egyik karját és lábát, míg Al az egész testét, de szerencsére a bátyjának sikerül megmentenie a lelkét. Miután felgyógyultak az eset után, lemondtak arról, hogy visszahozzák az anyjukat az életbe, arra koncentráltak, hogy visszakapják eredeti testüket. Ehhez meg kellett találniuk a Bölcsek kövét, de előtte még nemzeti alkímistává kell válniuk. Ednek sikerül, és csak úgy nevezik, mint az Acél Alkimista (Fullmetal Alchemist), míg Alt lebeszélik arról (Roy Mustang), hogy megpróbálja a vizsgát, hiszen ő lényegében nem is ember. Roy Mustang paracsnoksága alá kerülnek, akivel Ed állandóan hadakozik, és ahol tud ellentmond neki, és különböző helyekre küldi őket, ahol különböző problémákat kell megoldaniuk,(például lázadásokat). De ezeknek az utaknak segítségével egyre közelebb kerülnek ahhoz, hogy megtalálják a Bölcsek kövét. A történet folyamán sok dolog ki fog derülni, mint pl. hogy kik a Humunculusok, mi történt Al és Ed apjával...

A Bölcsek köve, akinek a birtokában van arra nem vonatkozik az egyenértéküség elve. Kaphat anélkül, hogy adni kellenne és áldozat nélkül létrehozhat bármit. Mi kerestük és megtaláltuk...